Notre intestin abrite un écosystème d’une richesse insoupçonnée : le microbiote. Ces 50 000 milliards de bactéries¹ qui vivent dans notre tube digestif jouent un rôle bien plus large que la simple digestion. Décryptage de cet « organe invisible » et des clés pour en prendre soin.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal (aussi appelé flore intestinale) désigne l’ensemble des micro-organismes (environ 50 000 milliards) qui peuplent le tube digestif. Principalement situé dans l’intestin grêle et surtout dans le côlon, il rassemble 160 espèces en moyenne, dont seule la moitié est commune à toutes les personnes : chaque microbiote est ainsi unique, comme une empreinte.¹

Le microbiote est souvent considéré comme un organe à part entière, tant son rôle est central.

Il participe à :

  • la digestion des aliments,
  • la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, vitamines B),
  • aux défenses immunitaires,
  • et peut même influencer les fonctions cognitives et les régulations métaboliques.¹

Comment fonctionne le microbiote ? A quoi sert-il ?

Le microbiote s’occupe principalement de la fermentation des résidus alimentaires non digestibles, comme les fibres.

Il hydrolyse aussi certains polysaccharides complexes, comme l’amidon résistant. Ce travail de fermentation produit des composés très bénéfiques, notamment les acides gras à chaîne courte (AGCC), qui nourrissent les cellules du côlon et participent à la régulation de l’inflammation.²

Les fibres et le microbiote intestinal forment ainsi un duo essentiel : sans fibres à fermenter, le microbiote s’appauvrit et sa diversité diminue.⁶

C’est pour cette raison qu’on recommande de varier les sources de fibres dans l’alimentation : fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses.

L’équilibre du microbiote : la clé de la santé digestive

Le microbiote est un écosystème fragile. Un changement d’alimentation, la prise d’antibiotiques, le stress, certains virus peuvent modifier sa composition.

Les études montrent que le microbiote peut être modifié en quelques jours par un changement de régime alimentaire³.

C’est rassurant : il est réversible.

Quand l’équilibre est rompu, on parle de dysbiose intestinale⁴ : une réduction ou une prolifération d’un type de bactéries en particulier. Par exemple, un excès de sucres favorise la multiplication des bactéries friandes de glucose, ce qui peut provoquer des troubles digestifs.

Quels sont les signes d’un microbiote déséquilibré ?

Plusieurs signes peuvent évoquer une dysbiose intestinale :

À cela s’ajoutent parfois des effets extra-digestifs comme une baisse d’immunité, une fatigue chronique ou des troubles de l’humeur.⁴

Pris isolément, ces signes n’évoquent pas forcément une dysbiose. C’est leur association et leur persistance qui doivent alerter.

Comment prendre soin de son microbiote ?

En cas de mauvaise digestion, quelques habitudes entretiennent la diversité du microbiote.

Commencez par varier les aliments végétaux : fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses, fruits à coque. Cette diversité nourrit un plus grand nombre d’espèces bactériennes.

Vous pouvez aussi consommer régulièrement des aliments fermentés : yaourt, kéfir, kimchi, choucroute, miso, pain au levain. Ils apportent des bactéries bénéfiques.⁵

Bien-sûr, limiter les aliments ultra-transformés, trop gras, trop sucrés ou trop salés⁷ ainsi que la consommation d’alcool.

Mais tout ne se passe pas dans l’assiette. Prendre soin de son sommeil et apprendre à gérer le stress va influencer positivement votre microbiote.⁸

A noter aussi que certains antibiotiques tuent aussi les bonnes bactéries.

Les prébiotiques et probiotiques : des alliés ciblés

Pour soutenir un microbiote fragilisé (après des antibiotiques, par exemple), on peut se tourner vers les prébiotiques et probiotiques.

Les prébiotiques sont des fibres qui nourrissent les bonnes bactéries (bananes, oignons, ail, topinambour).

Les probiotiques, eux, sont des bactéries vivantes présentes dans les aliments fermentés ou les compléments spécialisés.⁵

Un écosystème à long terme

Prendre soin de son microbiote ne se fait pas en quelques jours.

C’est un travail au long cours : l’alimentation et le mode de vie nourrissent la diversité bactérienne sur la durée. Les bénéfices se mesurent en mois et en années, et dépassent largement la digestion.

Source :

¹ INSERM — Microbiote intestinal (flore intestinale), dossier thématique. Disponible sur : inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

² Hold GL et al. — Introduction to the human gut microbiota. World Journal of Gastroenterology

³ Bibbò S et al. — The role of diet on gut microbiota composition (Nutrition, oxidative stress and intestinal dysbiosis). European Review for Medical and Pharmacological Sciences

⁴ INSERM — Microbiote et santé (dossier thématique). Disponible sur : inserm.fr

⁵ Hill C et al. — The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2014

⁶ Gibson GR et al. — Expert consensus document: The ISAPP consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2017

⁷ ANSES — Actualisation des repères du PNNS : révision des repères de consommations alimentaires (NUT2012-SA-0103). anses.fr

⁸ Khanijow V et al. — Sleep Dysfunction and Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology & Hepatology, 2015

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